Setelah mengendap sekian lama, gagasan untuk mendirikan Perguruan Tinggi Muhammadiyah tumbuh kembali dalam Musyawarah Daerah (Musda) Muhammadiyah Kota/Kabupaten Cirebon tanggal 6 Juli 1996. Gagasan ini kemudian menjadi amanat Musda yang harus diwujudkan oleh Pengurus Daerah Muhammadiyah (PDM) Kota/Kabupaten Cirebon.
Menindaklanjuti amanat Musda tersebut, pada tahun 1998 lahir Akademi Keperawatan (Akper) Muhammadiyah dengan menyelenggarakan pendidikan jenjang Diploma III. Kemudian pada tahun 1999 menyusul Akademi Farmasi (Akfar) Muhammadiyah dengan menyelenggarakan pendidikan jenjang Diploma III. Sempat pula lahir Sekolah Teknologi Tekstil (STT) Muhammadiyah, namun keberadaannya tidak berlangsung lama.
Semangat tinggi untuk mempunyai Perguruan Tinggi Muhammadiyah yang besar, berbobot, dan berwibawa tidak berhenti dengan telah memiliki 2 buah Akademi. Dalam Rapat Pimpinan (Rapim) PDM Kota/Kabupaten Cirebon tanggal 8 Desember 1999 terjadi diskusi yang sangat mendalam untuk mewujudkan ambisi besar tersebut. Rapim kemudian sepakat untuk mendirikan Universitas Muhammadiyah Cirebon (UMC). Keputusan Rapim ini kemudian ditindaklanjuti dengan membentuk Badan Pendiri (BP) UMC, yang segera melakukan konsolidasi, studi banding, dan segala persiapan yang diperlukan.
Proses pendirian melalui Kopertis Wilayah IV dan Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi kemudian ditempuh melalui tahap-tahap yang tidak mudah. Kerja keras BP-UMC akhirnya mendapat dukungan berbagai pihak. Pimpinan Pusat Muhammadiyah melalui Majelis Pendidikan Tinggi kemudian merestui pendirian UMC. Maka pada tanggal 12 Agustus 2000 diproklamasikanlah berdirinya UMC dengan 8 Program Studi jenjang S-1 dan 3 Program Studi jenjang D-III. Pendirian UMC ini kemudian diakui dan disahkan pemerintah melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor: 203/D/O/2000 tanggal 28 September 2000.